Замысел. Как ДНК делает нас теми, кто мы есть, стр. 68

« Что касается интеллекта, исследования GWA имели лишь скромный успех, пока размер выборки не достиг почти 300 000, когда в 2018 году было сообщено о более чем 200 значимых ассоциациях» . к полногеномным полигенным показателям: новая генетика интеллекта», Nature Reviews Genetics , 19 (2018): 148–159. doi: 10.1038/nrg.2017.104. Самое последнее исследование GWA с размером выборки почти 300 000 человек находится на рассмотрении: Дженнифер Э. Сэвидж и др., Метаанализ геномных ассоциаций у 269 867 человек идентифицирует новые генетические и функциональные связи с интеллектом», Nature Genetics, 50 (2018 ) . ): 912-19. doi: 10.1038/s41588-018-0152-6.

' Что касается экстраверсии, исследование GWA из 100 000 человек нашли 5 совпадений»: Min-Tzu Lo et al., «Полногеномный анализ черт личности определяет шесть геномных локусов и показывает корреляцию с психическими расстройствами», Nature Genetics, 49 (2017): 152–156. doi: 10.1038/ng.3736.

« Что касается невротизма, в исследовании GWA с размером выборки 300 000 было зарегистрировано более 100 совпадений» : Мишель Лучано и др., «116 независимых генетических вариантов влияют на невротическую черту личности у более чем 329 000 человек из британского биобанка», bioRxiv (2017): дои: 10.1101/168906. Для благополучия ... исследование GWA, в котором приняли участие почти 200 000 человек человек нашли 3 совпадения : Айсу Окбай и др., «Генетические варианты, связанные с субъективным благополучием , депрессивными симптомами и невротизмом, выявленные с помощью полногеномного анализа», Nature Genetics , 48 (2016): 624-32. doi: 10.1038/ng.3552.

« Появляются исследования GWA других интересных личностных черт»: Варун Уорриер и др., «Полногеномный метаанализ когнитивной эмпатии: наследуемость и корреляция с полом, нейропсихиатрическими состояниями и анатомией мозга», bioRxiv ( 2017 ) . дои: 10.1101/081844. Эми Э. Тейлор и Маркус Р. Мунафо. «Связи показателей генетического риска кофе с кофе, чаем и другими напитками в биобанке Великобритании», bioRxiv (2017). дои: 10.1101/096214. Жаклин М. Лейн и др., «Полгеномный ассоциативный анализ признаков нарушений сна, выявление новых локусов и выявление общей генетики с нейропсихиатрическими и метаболическими признаками», Nature Genetics , 49 (2016): 274-81. дои: 10.1038/ng.3749.

Винсент Дири и др., «Генетический вклад в самооценку усталости», Молекулярная психиатрия (2017). Предварительная онлайн-публикация. doi: 10.1038/mp.2017.5. Сэмюэл Э. Джонс и др., «Полногеномный анализ ассоциации у 128 266 человек выявил новые локусы утренней активности и продолжительности сна», PLoS Genetics , 12 (2016): e1006125. doi: 10.1371/journal.pgen.1006125.

« Полногеномное секвенирование — следующий большое дело в геномике» : Эрик Д. Грин и др., «Будущее секвенирования ДНК», Nature , 550 (2017): 179 81. doi: 10.1038/550179a.

« В ближайшие несколько лет у миллиарда людей будет секвенирован весь их геном, и эта информация о ДНК будет связана с электронными медицинскими записями» : Алкес Л. Прайс и др., «Прогресс и перспективы в понимании генетической основы распространенных заболеваний», Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences , 282 (2015): 2015–1684. doi: 10.1098/rspb.2015.1684. « Большинство генов влияют на большинство мозговых и поведенческих процессов » : в недавней статье предполагается, что генетические эффекты не просто сильно полигенны — они «омнигенны» в том смысле, что большинство генов влияют на большинство черт: Evan A. Boyle et al., «An Расширенный взгляд на сложные признаки: от полигенности к омнигенности», Cell , 169 (2017): 1177-86. doi: 10.1016/j.cell.2017.05.038.

« Что мы знаем до сих пор, так это то, что некодирующие области могут быть вовлечены в регуляцию экспрессии генов» : гораздо труднее изучать экспрессию генов, чем унаследованные различия ДНК. Экспрессию генов, которая начинается с транскрипции ДНК в РНК, необходимо изучать в клетках определенных тканей (например, головного мозга) в определенном возрасте (например, внутриутробное развитие) в ответ на определенные условия окружающей среды (например, лекарства). Напротив, унаследованная последовательность ДНК одинакова во всех клетках любого возраста и во всех средах. Важно помнить, что все, что мы наследуем, — это последовательность ДНК. Эти унаследованные различия в последовательности ДНК ответственны за наследуемость. « Хотя эффекты отдельных SNP ничтожны, эти эффекты можно добавить, как мы добавляем элементы в тест, чтобы создать составную оценку… Я назвал эти наборы SNP » : Lee M. Butcher et al., «SNPs, Microarrays and Объединенная ДНК: идентификация четырех локусов, связанных с легким психическим расстройством, в образце из 6000 детей, Human Molecular Genetics , 14 (2005) : 1315-25. дои: 10.1093/hmg/ddi142.

Гадалка по ДНК

« После фальстарта исследований генов-кандидатов, которые не удалось воспроизвести, исследование GWA установило строгий критерий для сообщения о статистически значимых «попаданиях» путем исправления ассоциаций для миллиона тестов по всему геному». , поправка на миллион тестов означает, что значение P, используемое в исследованиях GWA, равно 0,00000005.

' Генотипы SNP подсчитываются как 0, 1 или 2, что указывает на количество «возрастающих» аллелей : например, FTO SNP на хромосоме 16 состоит из двух аллелей, Т и А. Аллель А связан с увеличением веса на три фунта. У каждого из нас есть два аллеля SNP, по одному на каждой из двух наших хромосом. Наш генотип для FTO SNP может быть ТТ, ТА или АА. Мы можем подсчитать количество аллелей А в генотипе, чтобы человек имел генотипическую оценку 0, 1 или 2, в зависимости от того, является ли его генотип ТТ, ТА или АА соответственно. Более высокий балл для этого SNP указывает на большую массу тела. Поскольку каждый аллель А добавляет в среднем три фунта, люди с генотипом ТТ в среднем на три фунта легче, чем люди с генотипом ТА, которые на три фунта легче, чем люди с генотипом АА. Именно это подразумевается под аддитивными генотипическими эффектами — каждый аллель А добавляет 3 фунта. Кроме того, как и в любой психологической шкале, каждый SNP необходимо суммировать в правильном направлении, чтобы общая полигенная оценка предсказывала больший вес. Аллель A FTO SNP связан с большим весом. Для других SNP в анализе веса GWA любой аллель, связанный с большим весом, считается за 1. Оценка полигенности каждого человека основана на том, имеет ли человек 0, 1 или 2 копии этого аллеля. Таким образом, более высокий полигенный балл предсказывает большую массу тела. ' Сколько SNP должно войти в полигенную оценку? ' : В исследованиях GWA средний размер эффекта высших ассоциаций SNP составляет около 0,01%. Это говорит о том, что для оценки полигенности требуется не менее 5000 SNP, чтобы учесть наследуемость в 50%, если средний размер эффекта составляет 0,01%. На самом деле потребуется намного больше, чем 5000 SNP, потому что размеры эффекта ассоциаций GWA включают ошибку. Как правило, в полигенные оценки включаются десятки тысяч SNP. Один из подходов состоит в том, чтобы продолжать добавлять SNP до тех пор, пока они увеличивают способность прогнозировать в независимых выборках : Jack Euesden et al., 'PRSice: Polygenic Risk Score Software', Bioinformatics , 31 (2015): 146-8. doi: 10.1093/биоинформатика/btu848. Полигенные оценки иногда включают все SNP: Cornelius A. Rietveld et al., 'GWAS of